Le ministère de la santé a été créé parmi les institutions gouvernementales, y compris les ministères et les commissions. Il a évolué au fil des ans pour devenir le ministère de la Santé de la République du Sud-Soudan après l’indépendance du 9 juillet 2011. L’honorable Elizabeth Achuei est l’actuelle ministre de la santé. Depuis son entrée en fonction, le ministre a fixé un certain nombre de priorités pour le ministère. Il s’agit notamment d’augmenter le nombre de travailleurs de la santé formés, d’accroître le nombre d’établissements dans le pays, d’améliorer la gestion, la motivation et le développement des travailleurs de la santé et de veiller à ce que des systèmes solides soient mis en place pour atteindre tous ces objectifs.